Ранее считалось, что это озеро полностью заморожено, но специалисты Итальянского национального исследовательского совета подтвердили наличие живой воды с помощью радиолокационного зондирования. Исследования показали, что воды находится на глубине не менее 12 метров, и возможно, даже глубже.

Жидкость в озере сохраняется даже при экстремально низких температурах, достигающих -40,7 ℃. Толстый ледяной покров изолирует водоем от внешней среды, создавая уникальные условия для микробной воды выявил разнообразие микроорганизмов, включая группы Bacteroidota, Actinobacteriota и Pseudomonadota. Особенно интересны ультрамалые бактерии из суперфилума Patescibacteria, которые имеют очень небольшие размеры клеток и упрощенные геномы, но благодаря своей адаптивности играют важную роль в пищевой цепи озера. Ученые предполагают, что многие из этих бактерий могут быть уникальными и не встречаются больше нигде на планете.

Экосистема озера Энигма отличается от других антарктических водоемов, от других антарктических водоемов, таких как те, что находятся в сухих долинах Мак-Мердо, благодаря особым химическим и термическим свойствам воды. Исследователи считают, что микробиота озера сформировалась до его замерзания и является «живым наследием» древних экосистем.

Еще одной загадкой озера является его способность сохранять воду. Несмотря на то, что Антарктида крупнейшая пустыня на Земле с минимальными осадками, а интенсивное испарение и сильные ветры могут приводить к потере до 200 000 кубических метров воды ежегодно, объем воды в озере остается стабильным. Это указывает на наличие скрытой системы подпитки, источник которой пока остается неизвестным, добавляя еще больше таинственности этому удивительному месту.